Program Studi S1 Tarbiyah Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI) secara kelembagaan dikelola oleh  Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Paciran, yang dipimpin oleh Ketua beserta Pembantu Ketua. Dengan demikian semua program yang akan dilaksanakan sebagai proses realisasi pencapaian visi, misi dan tujuan  ditetapkan oleh Ketua STIT Muhammadiyah Paciran. Jurusan adalah bagian dari Sekolah Tinggi yang berfungsi sebagai pelaksana akademis oleh Ketua Jurusan dan dibantu oleh Sekretaris Jurusan, Dosen Wali dan Dosen pengampu mata kuliah sebagai pelaksana akademik.

Agar otoritas akademik terlaksana secara bertanggung jawab, obyektif dan efisien serta sedapat mungkin mengurangi efek otoritas yang berlebihan maka, diperlukan mekanisme yang memungkinkan terjadinya kontrol dari pemimpin prodi maupun sekolah tinggi, sekaligus oleh pihak luar.  Apalagi mengingat secara kelembagaan Sekolah Tinggi Muhammadiyah Paciran merupakan bagian dari satu sistem pendidikan nasional yang secara hirakis dibawah departemen Agama / KOPERTAIS , juga  sekaligus sebagai wujud tanggung jawab kepada pemangku kepentingan intern maupun ekstern, maka seluruh pelaksanaan kegiatan akademis maupun non akademis yang dilakukan memiliki mekanisme yang terbuka.

Adapun mekanisme yang dilaksanakan dan media yang dipakai sebagai dokumen laporan, sekaligus berfungsi sebagai pertangungjawaban ekstern atau kontrol dari pihak luar  adalah sebagai berikut :

1. Penyusunan rencana dan laporan pelaksanaan prodi dilakukan ketua jurusan kepada Ketua STIT Muhammadiyah Paciran.
2. Laporan dan evaluasi pelaksanaan program, yang dilakukan oleh masing-masing unsur STIT Muhammadiyah Paciran sesuai dengan program yang telah dilaksanakan.
3. Laporan kepada Kementrian Riset,Teknologi dan Pendidikan Tinggi, berupa laporan kelembagaan, penyelenggaraan prodi, dan pelaksanaan evaluasi.

• PDPT,adalah program aplikasi pengolah data komputer (software) ditujukan kepada Menristek, yang berisi dokumen seluruh rencana, pelaksanaan dan hasil program studi, setiap semester.
• SIMKOPTA – ONLINE , adalah program aplikasi pengolah data komputer (software) dari KOPERTAIS wilayah IV Surabaya, berisi perkembangan keadaan mahasiswa, Pelaksanaan Ujian dan hasil penilaian, dilaporkan setiap semester.
• Ketenagaan berupa penilaian DP3 dosen dan kepangkatan akademik.